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upgmA聚类树

聚类分析:将个体(样品)或者对象(变量)按相似程度(距离远近)划分类别,使得同一类中的元素之间的相似性比其他类的元素的相似性更强.目的在于使类间元素的同质性最大化和类与类间元素的异质性最大化.其主要依据是聚到同一个数据集中的样

我也不太清楚,如果你想知道的话,上网上查一查吧

有了遗传距离,怎么进行UPGMA得出进化树MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包,从3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉,现在推出了Mega5.0版本.功能比以前多有改进.现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方

通过两两比对聚类的方法进行,在开始时,每个序列分为一类,分别作为一个树枝的生长点,然后将最近的两序列合并,从而定义出一个节点,将这个过程不断的重复,直到所有的序列都被加入,最后得到一棵进化树.

你先建立一个txt文本文档,把五个序列复制到文档中,注意用fasta格式.比如一号序列是AATTCCGG文本中就是>seq.1 AATTCCGG“>”符号后面是序列的名字,你随便取

在我上大学的时候,学校的食堂后面有一处闻道林,种了数百棵水杉,我们还挖坑、栽种了呢.后来去北京的植物园,在近樱桃沟的地方两侧有很高的水杉林.水杉有个显著的特种,就是迎着风和光而长,只要有空隙,就有它的生存,这是一位

你先建立一个txt文本文档,把五个序列复制到文档中,注意用fasta格式.比如一号序列是AATTCCGG文本中就是>seq.1 AATTCCGG“>”符号后面是序列的名字,你随便取,然后换行把序列复制进来.五个都输入后保存,把txt文件的后缀改成.fas,也就是FASTA格式文件,mega不认识txt的.然后用mega打开这个fas文件,然后先Alignment,具体的参数你参考别人的文章,我没做过微卫星,不知道.对比完了之后保存,生产.meg文件,再用mega打开,就可以选择构建你所需要的系统树了,同样,参数参考别人的文章,我不知道.

序列比对建议用ClustalX 建NJ或MP树,用MEGA就可以了,非常方便 若要建ML树推荐用phyML 建Bayes树推荐用Parallel MrBayes @ BioHPC 如果不是专业建树的话,MEGA足够用了,建议参考下面这篇文章:一、引言 开始动笔写这篇短文之

不是 大约在38亿年前的太古代,古老的海洋中首次出现了生命,这是一种结构非常简单.形状为球形和椭蛐危*直径为0.10.75岬,只有一十细胞的细菌类.它们具有植物特征.所以说这才是地球上出现最早的植物.

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